Tractul intestial uman este acoperit pe interior cu un strat de mucus sănătos. Această mucoasă intestinală protejează celulele epiteliale care se află în peretele colonului. Toate tipurile de alimente pot irita aceste celule epiteliale, dacă sunt lăsate neprotejate. Stratul de mucus care protejează celulele se numește glycocalyx. Acesta poate fi populat atât de bacterii nocive, cât și de bacterii sănătoase. Bacteriile care favorizează apariția bolilor cronice tind să se atașeze de peretele colonului și să se protejeze împotriva atacurilor bacteriilor sănătoase și a sucurilor digestive. Acestea formează un strat care devine, în cele din urmă, biofilm. Biofilmul este constituit nu doar din bacterii nocive, ci și...