Galileo Galilei a fost un catolic devotat. Dacă tatăl său nu ar fi insistat ca tânărul să urmeze cursurile unei facultăți de medicină, el ar intrat mai mult ca sigur în rândurile clerului. Vorbim, așadar, de un om religios care a ales însă să pună știința în fața convingerilor sale religioase.

Biserica însă nu acceptase încă validitatea teoriei heliocentrice, susținând în continuare că teoria geocentrică – potrivit căreia Pământul era centrul universului, în jurul căruia se rotesc toate corpurile ccerești – era cea corectă, ea fiind susținută și de pasaje din Biblie. Astfel, teoria lui Copernicus era în contradicție nu doar cu opinia generală a majorității savanților de la acea vreme, dar și cu textele sfinte care sprijineau, din punct de vedere teologic, teoria geocentrică.

Așadar, era de așteptat ca Galileo Galilei să intre în vizorul Inchiziției Romane din cauza promovării unor teorii contrare dogmei oficiale. Primele atacuri la adresa omului de știință datează din anii 1614-1615 și vin din partea unui călugăr dominican pe nume Tommaso Caccini. Ulterior, un alt călugăr va obține o copie a unui scrisori a lui Galilei către un fost student de-ai săi, scrisoare interpretată ca fiind ostilă dogmei oficiale. De aceea, scrisoarea va fi adusă în atenția Inchiziției, cu acuzația că Galilei și suporterii săi interpretează Sfânta Scriptură altfel decât ar trebui. O lună mai târziu, Caccini ajunge personal în fața Inchiziției pentru a-l denunța pe Galilei ca adept al teoriei heliocentrice.

Această primă confruntare dintre omul de știință și Inchiziție va fi judecată de cardinalul Bellarmine, unul dintre cei mai respectați teologi ai vremii. Bellarmine era deja familiarizat cu problema teoriei heliocentrice și era de părere că lucrarea lui Copernicus nu trebuia interzisă, ci doar „editată” în așa fel încât teoria sa să nu fie prezentată drept realitate fizică, ci doar ca instrument de calcul. Bellarmine va adopta o poziție similară în cazul lui Galilei, căruia i-a recomandat să prezinte teoria heliocentrică doar ca fenomen ipotetic, nu ca o realitate a fizicii, căci altfel ar fi putut dăuna credinței promovând ideea că textele sfinte sunt false.

Bellarmine considera că problema teoriei heliocentrice nu era, în sine, ca ipoteză științifică, o problemă de credință, dar că argumentarea ei intra în contradicție cu textul Bibliei, transformându-se astfel în erezie.
În concluzie, cardinalul Bellarmine nu avea nicio problemă cu teoria lui Copernicus atâta timp cât ea era era tratată pur și simplu ca instrument de calcul, și nu ca un fenomen fizic real. Ca atare, el a hotărât că promovarea teoriei nu putea fi permisă decât dacă existau suficiente argumente științifice în favoarea ei. Problema era că Galilei credea că aceste argumente existau!

În urma analizării cazului, comisia de teologi întrunită de Inchiziție hotâra că ideea că Soarele nu se mișcă este absurdă și eretică din moment ce contrazice în mod explicit textul Sfintei Scripturi. Astfel, Papa Paul al V-lea l-a însărcinat pe Bellarmine să-i prezinte lui Galilei rezultatul procesului său și să-i ordone să renunțe la credința sa în teoria lui Copernicus, cu avertismentul că, în caz contrar, vor fi luate împotriva sa măsuri mai severe.

Astfel, lui Galilei i s-a interzis să predea sau să apere această doctrină heliocentrică și să discute despre ea. I s-a spus să renunțe complet la ideea că soarele stă nemișcat în centrul lumii și că pământul se mișcă în jurul său.

Pentru câțiva ani, chestiunea a fost uitată. Galilei nu a pățit nimic, iar lucrările sale nu au fost interzise. Mai mult, în 1623, se părea că norocul îi surâde omului de știință: Papa Grigore al XV-lea moare și este urmat de Papa Urban al VIII-lea, un prieten și admirator al lui Galilei, care se opusese, în 1616, condamnării acestuia.

În aceste condiții, Galilei a cedat tentației de a aborda din nou problema controversată a teoriei heliocentrice. În 1632, el va publica – cu acordul oficial al Inchiziției și al Papei – o carte pe acest subiect: Dialog despre cele două sisteme principale ale lumii.

Papa îl rugase pe Galileo să ofere în carte atât argumente pro, cât și contra teoriei heliocentrice, și să fie atent să nu apară drept adept al acestei teorii. În plus, Papa i-a mai făcut o cerere omului de știință: să includă în cartea sa și opiniile lui.

Când cartea apare, în 1632, s-a dovedit că Galilei nu respectase decât ultima cerință a Papei Urban al VIII-lea, și asta într-o manieră mai mult decât deranjantă. După cum o sugerează și numele, cartea e scrisă ca un dialog între un savanat adept al lui Copernicus, Salviati, un savant imparțial pe nume Sagredo, și un susținător al teoriei geocentrice pe nume Simplicio.

Galilei explică în prefața cărții că acest ultim personaj a fost numit după un cunoscut filosof aristotelic (Simplicius), dar alegerea nu se poate să fi fost una inocentă. În limba italiană, simplicio poate fi tradus ca naiv sau prost, iar personajul cu acest nume chiar este reprezentat ca fiind, din punct de vedere intelectual, un prost. Problema a fost că Galilei a ales să prezinte opiniile Papei, așa cum acesta îi ceruse, prin voca acestui Simplicio. Argumentele acestuia în favoarea geocentrismului sunt sistematic combătute și ridiculizate de celelalte personaje, care sprijină teoria heliocentrică. La sfârșit, părerea personală a lui Galilei cu privire la chestiunea dezbătută apărea mai mult decât clar.

Era de așteptat ca Urban al VIII-lea să nu aprecieze deloc lucrarea lui Galilei. La câteva luni după publicarea ei, ea este interzisă, iar Galilei este chemat la Roma pentru a fi adus în fața Inchiziției sub acuzația de erezie.

Lucrarea lui Galilei a fost analizată de un grup de teologi, care au ajuns la concluzia că ea promovează teoria lui Copernicus, ceea ce însemna că Galilei nu respectase ordinul dat în 1616.

Pe parcursul procesului, Galilei a susținut că el a respectat promisiunea făcută în 1616 și că nu apăra teoria interzisă. În cele din urmă, el a fost convins să admită că, fără a fi avut intenția de a scrie în acest sens, o persoană care citea Dialogul putea avea impresia că lucrarea apără teoria heliocentrică. În rest, Galilei – chiar și sub amenințarea torturii - a fost ferm și a susținut în continuare că, după 1616, el a renunțat la ideile sale anterioare și că nu a avut intenția de a le apăra în ultima sa carte.

La finalul procesului, Inchiziția l-a găsit pe Galilei „suspect de erezie”, i-a cerut să-și renege opiniile și l-a condamnat la arest la domiciliu, iar lucrarea sa a fost interzisă. În plus, publicarea operelor sale, atât trecute cât și viitoare, a fost interzisă.