Mai întâi, a fost găsită piatra de mormânt a Cuviosului Sila, în partea dreaptă a bisericii schitului, la exterior, având inscripția „Aici zac oasele ieroschimonahului Sila, care au răposat văleatul 1783, aprilie 23”. La o palmă sub pământ se aflau osemintele lui, galbene și frumoase.

Pe aceeași latură, lângă naos, a fost aflată piatra de mormânt a Cuviosului Paisie, cu inscripția „Aici odihnesc oasele robului lui Dumnezeu Paisie ieroschimonahul, și au răposat la văleatul 17[…]”. Sub această lespede erau rămășițele sale pământești, tot galbene și frumoase, cu o putere harică deosebită. În interiorul bisericii s-au descoperit osemintele Cuviosului Natan.

În 15 iunie 2016, în prezența Înaltpreasfințitului Arhiepiscop Pimen, conform binecuvântării și aprobării Sfântului Sinod, a fost desfăcută cripta Sfântului Iacob Putneanul. Părinții mănă